牛樟芝(或稱牛樟菇)是台灣特有藥用菇菌，在自然界僅生長於牛樟樹上。由於科學研究發現其可能具有醫療功效，但因產量稀少以致價格昂貴，引起各方之興趣。目前分類學家亦對其學名之使用有著不同之見解，數個學名經常被使用於文章發表及市售產品廣宣，令人困擾。財團法人食品工業發展研究所擁有台灣最具規模之生物資源保存及研究中心，除收集保存眾多生物資源外，亦經常應外界之要求提供菌種鑑定及菌株分讓之服務，其中即包括牛樟芝此一珍貴之菌種。在提供牛樟芝之相關服務時，本所目前係使用Antrodia cinnamomea為其學名。
有關牛樟芝之命名，確實存在不同之意見。茲將所有相關之命名簡述如下：
一、Ganoderma comphoratum Zang & Su
Ganoderma comphoratum是Zang 與 Su (1990)發表於「雲南植物研究」，文中描述靈芝屬的一個新種，命名為Ganoderma comphoratum，並指定存放於中國雲南HKAS 22294號標本為其主模式標本(Holotype)。在形態方面，文中描述該靈芝新菌種之孢子為雙層壁，且其表面具有突起。
二、Antrodia cinnamomea Chang & Chou
Antrodia cinnamomea是Chang 與 Chou（1995）於英國真菌學研究期刊「Mycological Research」發表，將牛樟芝發表為薄孔菌屬 Antrodia之一新種，命名為Antrodia cinnamomea，指定放置於台灣林試所之TFRI 119號標本為其主模式標本(Holotype)，並將標準菌株存放於食品工業發展研究所生物資源保存及研究中心(BCRC 35396)。文中詳細描述牛樟芝子實體及培養的無性世代形態特徵及其他培養特性，並註記該菌之寄主為牛樟樹(Cinnamomum kanehirai)。
三、Antrodia camphorata (Zang & Su) Wu, Ryvarden & Chang
Antrodia camphorata是Wu等(1997)檢視前述一模式標本HKAS 22294及前述二模式標本TFRI 119後，認為兩者是相同菌，但因Zang 與 Su (1990)先發表，具有命名先取權，不過亦認同Chang 與 Chou (1995)之意見，認為牛樟芝應屬於薄孔菌屬Antrodia。於是Wu等(1997) 於「中研院植物學彙刊」發表，認為應採用Antrodia為屬名及保留Ganoderma comphoratum之種名，並更正原先拼字錯誤而發表新組合名 Antrodia camphorata。其模式標本仍指定為HKAS 22294。
四、Antrodia cinnamomea Chang & Chou，2004再論
Chang 與 Chou在「中研院植物學彙刊」提出應回復使用Antrodia cinnamomea為牛樟芝之學名。其理由為Wu等(1997)檢視Zang 與 Su (1990)發表之Ganoderma comphoratum模式標本HKAS 22294時，指出該標本由兩種不同之真菌組成，一為靈芝(Ganoderma sp.)、一為牛樟芝(Antrodia cinnamomea)。而根據「國際植物命名規約」（McNeill et al., 2006），當學名所使用之模式標本包含超過一個物種時，該學名所指涉之對象必須是該標本中最能夠與原始描述相對應之部份。由於Zang 與 Su 發表新種Ganoderma comphoratum時，所指涉者是該描述標本中之靈芝部份，而非牛樟芝部份。因此認為Chang 與 Chou於1995年之發表應為牛樟芝第一次有效(effective)及正當(valid )之發表。
五、Taiwanofungus camphoratus (Zang & Su) Wu, Yu, Dai & Su
Wu等人(2004)於「中華民國真菌學會刊」發文指出，由牛樟芝LSU rDNA序列分析結果顯示，牛樟芝與Antrodia親緣性並不接近。認為牛樟芝不應屬於薄孔菌屬Antrodia，因而提出多孔菌新屬：台芝屬(Taiwanofungus)，作為牛樟芝之屬名。新屬並指定1990發表的Ganoderma comphoratum為其模式種。
前述一、三、五中，Ganoderma comphoratum、Antrodia camphorata及Taiwanofungus camphoratum所指定之模式標本HKAS 22294，原始係描述一個靈芝( Ganoderma ) 菌種，明顯與牛樟芝不同。而目前牛樟芝DNA分子序列親源關係之研究仍在多方進行中，且亦出現有不同之見解(Yu et al., 2010; Tzean et al, unpublished)，因此尚無法建立共識或形成定論。
參酌前述各項命名資料後，食品工業發展研究所認為Chang 與 Chou(2004)之意見較符合「國際植物命名規約」之命名原則，因此目前選定Antrodia cinnamomea Chang & Chou作為牛樟芝之學名，其模式標本(holotype )為TFRI 119，同時並認定存放於本所生物資源保存及研究中心編號BCRC 35396菌株為模式菌株（ex-holotype）。希望在此基礎之上，各界持續關注此一台灣特有菇菌並且積極投入研發，使得牛樟芝之高經濟價值能夠充分發揮，造福民生。
參考文獻：
- Chang, T. T. and W. N. Chou. 1995. Antrodia cinnamomea sp. nov. on Cinnamomum kanehirai in Taiwan. Mycol. Res. 99: 756-758.
- Chang, T. T. and W. N. Chou. 2004. Antrodia cinnamomea reconsidered and A. salmonea sp. nov. on Cunninghamia konishii in Taiwan. Bot. Bull. Acad. Sinica 45: 347-352.
- McNeill, J., F. R. Barrie, H. M. Burdet, V. Demoulin, D. L. Hawksworth, K. Marhold, D. H. Nicolson, J. Prado, P. C. Silva, J. E. Skog, J. H. Wiersema and N. J. Turland. 2006. International Code of Botanical Nomenclature (Vienna Code).
http://www.ibot.sav.sk/icbn/main.htm.
- Wu, S. H., L. Ryvarden and, T. T. Chang. 1997. Antrodia camphorata (“niu-chang-chih”), new combination of a medicinal fungus in Taiwan. Bot. Bull. Acad. Sinica 38: 273-275.
- Wu, S. H., Z. H.Yu, Y. C. Dai, C. T. Chen, C. H. Su, L. C. Chen, W. C. Hsu and G. Y. Hwang. 2004. Taiwanofungus, a polypore new genus. Fung. Sci. 19: 109-116.
- Yu, Z. H., S. H. Wu, D. M. Wang and C. T. Chen. 2010. Phylogenetic relationships of Antrodia species and related taxa based on analyses of nuclear large subunit ribosomal DNA sequences. Bot. Stud. 51: 53-60.
- Zang, M. and Q. Su.1990. Ganoderma comphoratum, a new taxon in genus Ganoderma from Taiwan, China. Acta Bot. Yunnanica 12:395-396.
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