張貼日期
2026-03-19 00:00:00
主旨
微生物命名新篇章：從純培養到 SeqCode 的雙軌制與衝擊
內容大綱
原核生物新物種的物發表命名，一直以來依循「國際原核生物命名法規」的規定; 必須是純菌、可培養的模式菌株，寄存於兩個國際菌種中心。但Rappé & Giovannoni 提出自然界存有大量黑數沒有呈現出來，意指僅有1%的微生物可被培養。至Rinke et al. (2013)利用單細胞基因組學技術，將此黑數正式定義為「微生物黑暗物質」(MDM); 描述高達 85% 的原核生物無法被人工培養，導致龐大的微生物多樣性缺乏正式名稱。為突破此限制，Hedlund et al. (2022)提出依據序列資料的新規範「SeqCode」，直接將高品質的基因組序列（如總體基因體組裝基因組 MAGs、單一細胞擴增基因組 SAGs）作為模式菌株進行命名，為無法培養的微生物建立客觀的命名法則。隨著SeqCode理論被提出，微生物命名進入ICNP與SeqCode「雙軌並行」的時代。指標性學術期刊如《Systematic and Applied Microbiology》（SAM）表態支持兩套法規，為防範系統分歧與數據品質不良，期刊強烈要求新發表的基因組必須符合嚴格標準（MAGs/SAGs 完整度須 >90% 污染率 <5%），也鼓勵提供多個非純系基因組及 16S rRNA 系統發生樹來佐證。同時，SeqCode 網站也透過註冊平台（Registry）極力推廣在發表之前預先註冊，可將舊有 candidatus 名稱進行追認。然而，ICSP憂心的是，高通量基因體學帶來頻繁分類與命名變更，對臨床醫學、食品安全端造成另一項衝擊。例如，具高度傳染風險的致病菌若頻繁更改屬名，可能導致臨床醫師無法及時辨識，進而延誤抗生素的投放與控制措施。為解決學術與實務應用間的落差，國際原核生物系統學委員會（ICSP）成立特別委員會，借鏡醫學真菌學的經驗，致力於為臨床工作者提供一套穩定的「建議名稱」，利於學術界與病患安全間取得平衡。